คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี มหาวิทยาลัยขอนแก่น กำเนิดขึ้นจากแนวคิดที่มุ่งมั่นในการพัฒนาการศึกษาเพื่อตอบสนองต่อความต้องการของตลาดแรงงาน และขยายโอกาสทางการศึกษาแก่ประชาชนในภาคตะวันออกเฉียงเหนือ การก่อตั้งคณะฯ เป็นผลมาจากแผนพัฒนาการศึกษาแห่งชาติ ระยะที่ 7 (พ.ศ. 2535–2539) โดยเริ่มต้นในชื่อ “คณะวิทยาการจัดการ” และได้รับการประกาศจัดตั้งอย่างเป็นทางการในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2535 ในระยะแรกของการดำเนินงาน คณะวิทยาการจัดการมีโครงสร้างการบริหารที่แบ่งออกเป็นสี่ส่วน ได้แก่ สำนักงานคณบดี ภาควิชาการเงินและบัญชี ภาควิชาเศรษฐศาสตร์ และภาควิชาบริหารธุรกิจ โดยเปิดการเรียนการสอนหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาการเงิน เป็นหลักสูตรแรก ตามมาด้วยสาขาการจัดการการโรงแรมและการท่องเที่ยว และหลักสูตรเศรษฐศาสตร์บัณฑิต เพื่อรองรับความต้องการของสังคมที่เปลี่ยนแปลงไปอย่างรวดเร็ว
คณะฯ ได้พัฒนาและขยายหลักสูตรเพิ่มเติม อาทิ หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาการตลาด สาขาการจัดการ และหลักสูตรบัญชีบัณฑิต ทั้งนี้เพื่อส่งเสริมการเรียนรู้ที่ครอบคลุมทั้งภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติ มุ่งเน้นผลิตบัณฑิตที่มีศักยภาพทางวิชาการและความเป็นมืออาชีพ พร้อมด้วยคุณธรรมและจริยธรรมในการดำเนินชีวิตและการทำงาน ระหว่างปี พ.ศ. 2547 – 2558 มหาวิทยาลัยขอนแก่นได้ดำเนินการปรับโครงสร้างองค์กรให้สอดคล้องกับรูปแบบการบริหารจัดการที่ทันสมัย โดยเปลี่ยนระบบภาควิชาไปสู่การบริหารงานในรูปแบบกลุ่มวิชา ประกอบด้วยกลุ่มวิชาการเงิน การตลาด การจัดการ การท่องเที่ยว การโรงแรมและอีเว้นท์ การบัญชี และเศรษฐศาสตร์ นอกจากนี้ยังมีการเปิดหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาเพื่อเพิ่มศักยภาพของนักศึกษาและงานวิจัย รวมถึงพัฒนาระบบการบริการแบบเบ็ดเสร็จ (One Stop Service) เพื่อลดขั้นตอนการดำเนินงานและเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารจัดการ
เมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2558 มหาวิทยาลัยขอนแก่นได้เปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ซึ่งนำไปสู่การปรับเปลี่ยนโครงสร้างของหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัย โดยได้มีการจัดตั้งคณะเศรษฐศาสตร์ขึ้นใหม่ และต่อมา คณะวิทยาการจัดการได้ขอเปลี่ยนชื่อเป็น “คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี” เพื่อให้สอดคล้องกับหลักสูตรที่มีการเรียนการสอน การเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ได้รับความเห็นชอบจากสภามหาวิทยาลัยเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2559 และได้รับการประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2559 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 21 เมษายน พ.ศ. 2559 เป็นต้นไป ปัจจุบัน
คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี มหาวิทยาลัยขอนแก่น ยังคงดำเนินการพัฒนาหลักสูตร การเรียนการสอน และงานวิจัยให้สอดคล้องกับมาตรฐานระดับสากล คณะฯ มุ่งมั่นเป็นศูนย์กลางด้านบริหารธุรกิจและการบัญชีที่มีคุณภาพ สามารถผลิตบัณฑิตที่มีความสามารถในการแข่งขันในตลาดแรงงานระดับโลก อีกทั้งยังมีบทบาทสำคัญในการขับเคลื่อนเศรษฐกิจและสังคมให้ก้าวหน้าอย่างยั่งยืน
