คณะฯ ก่อตั้งขึ้นตามแผนพัฒนาการศึกษา ระยะที่ 7 (พ.ศ.2535–2539) ในชื่อ คณะวิทยาการจัดการ เพื่อตอบสนองความต้องการกำลังคนที่มีความรู้ด้านวิชาชีพ ในสาขาวิชาทางบริหารธุรกิจและเศรษฐศาสตร์ และเพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาแก่ประชาชนในภูมิภาคตะวันออกเฉียงเหนือ โดยมีภารกิจรับผิดชอบเกี่ยวกับการดำเนินงานด้านการจัดการศึกษา การวิจัย และบริการวิชาการแก่สังคม โดยได้แยกส่วนงานมาจากภาควิชาสังคมศาสตร์ ซึ่งสังกัดคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์  ในปีการศึกษา 2535 และมีการประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 109 ตอนที่ 126 หน้า 1 เมื่อวันที่ 30 ธันวาคม 2535 ให้จัดตั้งเป็น “คณะวิทยาการจัดการ” โดยมีหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการเงิน เป็นสาขาแรกที่เปิดทำการเรียนการสอน
        ในระยะแรก (พ.ศ.2535 – 2537) คณะฯมีการดำเนินงาน โดยแบ่งส่วนราชการ เป็น 4 ส่วน ได้แก่ สำนักงานคณบดี ภาควิชาการเงินและบัญชี ภาควิชาเศรษฐศาสตร์ และภาควิชาบริหารธุรกิจ ทำการเปิดสอนหลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต สาขาวิชาการเงิน และสาขาการจัดการการโรงแรมและการท่องเที่ยว และหลักสูตรเศรษฐศาสตร์บัณฑิต โดยมีคณาจารย์ที่สังกัด 3 ภาควิชา เป็นผู้ดำเนินการสอนร่วมกับอาจารย์พิเศษทางด้านการโรงแรมและการท่องเที่ยว
       ต่อมา เพื่อขยายโอกาสทางการศึกษาในภูมิภาคให้มากยิ่งขึ้น คณะจึงได้เปิดหลักสูตรเพิ่มเติม ได้แก่หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิตสาขาการตลาด และสาขาการจัดการ และหลักสูตรบัญชีบัณฑิต โดยมุ่งเน้นให้มีการเรียนการสอนทั้งภาคทฤษฎีและภาคปฏิบัติ เพื่อให้บัณฑิตเป็นผู้ที่มีความรู้และมีคุณภาพ มีคุณธรรมจริยธรรมสามารถนำความรู้ไปปฏิบัติงานในหน่วยงานต่างๆ และประกอบอาชีพของตนเอง ซึ่งจะนำไปสู่การพัฒนาท้องถิ่นและประเทศมากยิ่งขึ้น

      ระหว่างปี พ.ศ. 2547-2558 คณะฯ ได้พัฒนาการบริหารงานให้สอดคล้องกับนโยบายและรูปแบบการบริหารการศึกษาของมหาวิทยาลัยขอนแก่น เนื่องจากเป็นช่วงที่มหาวิทยาลัยเข้าสู่การประเมินอย่างเข้มข้นโดยองค์กรต่างๆ ทั้งภาครัฐและหน่วยงานอิสระจากภายนอก ทำให้มหาวิทยาลัยขอนแก่นได้พัฒนาตนเองเข้าสู่องค์กรแห่งคุณภาพมากขึ้น มีการดำเนินการปรับปรุงโครงสร้างองค์กรโดยการยุบรวมภาควิชาของคณะต่างๆ ซึ่งคณะฯก็ได้ดำเนินการตามนโยบายของมหาวิทยาลัยฯ เพื่อความทันสมัยมากขึ้น โดยได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างการบริหารจากการบริหารภาควิชาไปสู่การบริหารในรูปแบบกลุ่มวิชา ซึ่งประกอบไปด้วยกลุ่มวิชาต่างๆ ได้แก่ กลุ่มวิชาการเงิน กลุ่มวิชาการตลาด กลุ่มวิชาการจัดการ กลุ่มวิชาการท่องเที่ยว กลุ่มวิชาการโรงแรมและอีเว้นท์ กลุ่มวิชาการบัญชี และกลุ่มวิชาเศรษฐศาสตร์ ทั้งนี้เพื่อให้เกิดความชัดเจนในขั้นตอนการปฏิบัติงาน และความยืดหยุ่นในการบริการที่หลากหลายรองรับสถานการณ์ใหม่ๆที่เกิดขึ้นได้ดียิ่งขึ้น รวมทั้งมีการเปิดสอนหลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษาเพิ่มขึ้น ได้แก่ หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (บธ.ม.) สาขาการตลาด หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (บธ.ม.) สาขาการจัดการการท่องเที่ยวเชิงสร้างสรรค์ หลักสูตรบัญชีมหาบัณฑิต (บช.ม.) สาขาการบัญชี หลักสูตรบริหารธุรกิจดุษฎีบัณฑิต (บธ.ด.) สาขาบริหารธุรกิจ และหลักสูตรปรัชญาดุษฏีบัณฑิต (ปร.ด.) สาขาการจัดการนวัตกรรมการท่องเที่ยวและบริการ ในขณะเดียวกันก็มีการปรับโครงสร้างการบริหารสำนักงานภายในคณะฯ ให้มีลักษณะเป็นจุดบริการแบบเบ็ดเสร็จ (One Stop Service) ทั้งนี้เพื่อความคล่องตัวในการทำงาน และลดสายการบังคับบัญชาให้สั้นลง ทำให้การบริหารงานเป็นไปอย่างรวดเร็วและมีประสิทธิภาพ

         เมื่อวันที่ 18 กรกฎาคม พ.ศ. 2558 มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้เปลี่ยนสถานะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับ และมีการจัดตั้งหน่วยงานใหม่คือ คณะเศรษฐศาสตร์ ขึ้น ทั้งนี้เพื่อให้มีหลักสูตรที่หลากหลายและสอดคล้องกับความต้องการของสังคมในระดับภูมิภาคและอาเซียน  และหลังจากนั้น “คณะวิทยาการจัดการ” จึงได้ขอเปลี่ยนชื่อเป็น “คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี”เพื่อให้สอดคล้องกับหลักสูตรที่จัดการเรียนการสอน  และสภามหาวิทยาลัยขอนแก่นได้เห็นชอบ เมื่อวันที่  6 กุมภาพันธ์ 2559 และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 133 ตอน พิเศษ 91 ง หน้า 4 เมื่อวันที่ 20 เมษายน 2559 โดยมีผลบังคับใช้หลังวันออกประกาศ  จึงทำให้ “คณะบริหารธุรกิจและการบัญชี” มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้ถือกำเนิดขึ้นเมื่อวันที่ 21 เมษายน 2559 เพื่อให้บริการการเรียนการสอนที่สอดคล้องกับนโยบายการศึกษาในรูปแบบใหม่ที่เน้นผู้เรียนเป็นสำคัญ